SNP
单核苷酸多态性是指单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。在人类的可遗传变异中,这是最普遍的类型,大约占所有已知多态性的90%以上。 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) 在人类的基因组中十分常见, 平均每300个碱基对中就有一个,估计其总数可达到300万个甚至更多。这种二态标记是由单个碱基的转换或颠换所引起,也可由碱基插入或缺失所致。除了可以在基因序列内发生变化,SNP 也可能存在于基因以外的非编码序列上。
技术原理
TaqMan探针技术针对染色体上不同的SNP位点进行PCR扩增,并通过实时荧光PCR的方法进行检测。这种探针的5’-端和3’-端标记了不同的荧光基团,实现了高效的检测。当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板能够退火,产生与核酸外切酶特异性底物相适应的结构,将探针上5'-端的荧光基团切割下来,破坏了探针之间的PRET,从而发出了荧光信号。这种技术通常用于分析少量的SNP位点。 高分辨率熔解曲线(HRM)是一种近年来兴起的SNP研究工具。它通过实时检测PCR扩增产物与双链DNA荧光染料在升温过程中的结合情况,来判断是否存在SNP。不同SNP位点和是否是杂合子会影响熔解曲线的峰形,因此HRM分析可以准确分析不同的SNP位点和不同的基因型。这种检测方法不受限于突变碱基位点和类型,并且无需序列特异性探针,只需在PCR结束后进行高分辨率熔解,即可快速获得样品的基因型。此方法不需要设计探针,简便易行,成本低,结果准确,并能够实现真正的闭管操作。 SNaPshot技术是一种基于荧光标记单碱基延伸原理的SNP分型技术,也称为小测序技术。该技术针对中等通量的SNP分型项目,通过在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止。该延伸产物经过ABI测序仪检测,据此可以确定该延伸产物对应的SNP位点以及掺入的碱基类型,最终确定该样本的基因型。该技术通常适用于同时分析10-30个SNP位点。 直接测序技术是所有SNP检测技术中最准确的一种方法,也是SNP分析的金标准。通过直接扩增、测序待检测片段可以得到不同类型位点的测序峰。该技术通过直接测序的方式确定位点的基因型,具有最高的准确性,但是费用也较高。如果需要检测的SNP位点正好位于一个测序单元内,单个位点的分型费用可以显著减少,这种方法适用于样本量较小或者准确性要求较高的项目。
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